学校创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学，是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，是教育部批准的首批来华留学示范基地。2015年成为重庆市人民政府、国家卫生健康委员会（原国家卫生计生委）和教育部共建高校，2016年成为“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）首批立项的地方高校之一。
学校由位于渝中区的袁家岗校区和位于重庆大学城的缙云校区组成，校园总面积2650亩，其中缙云校区占地2100亩。校园环境优美，风景如画。
现有全日制在校生25671人，其中博士、硕士研究生6529人，本科生18587人，留学生555人。学校具有招收博士后研究人员，港澳台学生和外国留学生资格。学校现有7个一级学科博士学位授权点、12个一级学科硕士学位授权点，3个博士专业学位授权点、10个硕士专业学位授权点；4个国家重点学科，6个学科进入ESI全球前1%（2020年3月，科睿唯安发布），4个重庆市一流学科，12个重庆市“十三五”市级重点学科。在教育部学位中心第四轮学科评估中，临床医学等学科排名全国前列。
学校设有21个学院（系），并设立研究生院。开设35个本科专业。现有有国家一流本科专业建设点13个，重庆市一流本科专业建设点18个。临床医学专业已通过临床医学国际专业认证，口腔医学、护理学、中医学、专业已通过教育部专业认证。现拥有1个国家临床教学培训示范中心，4个国家级实验教学示范中心，4门国家级精品资源共享课、3门国家级精品视频公开课。学校现有各类教师4500人（含临床教师3500人），国家级高层次人才逾50人, 省部级各类人才500余人,博士生导师354人。
学校现有国家级、省部级研究平台44个。其中，国家重点实验室、国家工程研究中心、国家临床医学研究中心、国家生物产业基地实验动物中心、国家级国际科技合作基地等国家级平台5个；教育部重点实验室国际合作联合实验室、省部共建协同创新中心，以及国家卫健委重点实验室等国家部委级平台个6个；省级重点实验室、工程（技术）研究中心、国际科技合作基地、临床医学研究中心、人文社科基地等省级平台33个。另有7个国家级博士后科研流动站，以及省级“海外高层次人才创新创业基地”和“院士专家工作站”。
学校积极开展国内外交流合作。与欧洲、亚洲、北美洲、大洋洲的23个国家和地区的53所教育或医疗卫生机构建立了合作关系，其中包括美国达特茅斯学院、加拿大不列颠哥伦比亚大学、英国伦敦大学学院等国际名校；与英国莱斯特大学中外合作办学项目已正式启动，是我国西部地区唯一获批的临床医学中外合作办学项目，也是全国4个临床医学本科中外合作办学项目之一；同时，与复旦大学、西南大学等“双一流”建设高校开展长学制医学生的联合培养。
学校现有直属附属医院9所（综合性医院5所，儿童医院、口腔医院、康复医院、中医院各1所）。附属第一医院、附属儿童医院、附属第二医院连续9年入选“中国最佳医院排行榜”百强（复旦大学医院管理研究所发布），2019年分别排名第56位、第58位、第98位。各直属附属医院共拥有国家临床重点专科28个，编制床位14100余张，年门诊量1200万人次，年收治住院病人40余万人次。此外，学校还有27所非直属附属医院和18所教学医院，分布在重庆、成都、西安、深圳等地。
