培养目标：
培养具有良好思想道德和职业素养，掌握基础医学、临床医学的基本理论和专业技能，具备医疗、预防、保健、康复、健康教育、计划生育技术服务等方面能力，适应基层全科医学领域工作，能入基层或“本土化”的高素质应用型医学人才。
主干课程：
人体解剖与组织学、生理学、生物化学、病原生物学、医学免疫学、病理学、药理学、临床诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、全科医学概论、中医学
授予学位：医学学士
就业方向：主要在基层医疗机构从事临床医疗工作。
校院合作：
医教协同、多元合作、层层对接。与校附属第二医院实行院系合一的管理体制，与厦门大学附属第一医院、厦门大学附属中山医院等7家三级医院和5家社区卫生服务中心建立多元合作关系，合作育人、合作就业、合作发展。
采用“医教协同2+2+1”的培养模式，即前四个学期在学校完成公共基础素质课程、专业基础课程的学习；第五、六、七、八学期在附属医院（或教学医院）完成临床医学专业课程的学习，包括专业理论学习、实训、见习，由临床一线专业教师授课，“学见做”一体，培养岗位胜任力；1学年即第九、十学期在三级医院、社区卫生服务中心完成毕业实习，跟岗临床医生，学习医疗过程，训练并形成初步职业能力。
实验室条件及成果（含科研、教学）：
临床医学系设有基础医学实验实训中心和临床医学技能实训中心。基础医学实验教学中心5000余平方米，教学仪器设备总价值1600多万元；临床医学技能实训中心近5000平方米，分设在校本部和附属二院两部分，有诊断学、内、外、妇、儿科、手术室、急救、ICU、超声等20余间实训室，教学仪器设备总价值约1200万元。拥有国内外最先进的教学仪器和培训设备，满足临床各课程的技能训练要求。
教学成果：
省级精品课程2门，校级精品课程12门。专业核心课程采用WTBL教学模式，实现“翻转课堂”与混合式学习，已在SPOC教学学习平台建设解剖学、诊断学等12门微课程，250个微课视频，已建立内、外、妇、儿科案例库，专业基础及专业课全部建设考试题库，在线考试平台实现考教分离。主编、参编规划教材30本次。临床医学专业为省示范专业、市重点专业。近五年教师科研和教研立项课题47项（省级15项、市级21项、校级11项），发表论文334篇（其中含SCI 5篇，中文核心期刊205篇）。获省科技进步奖2项、市科技进步奖3项。
